Как говорилось ранее, установлению власти Чингиз-хана в восточной части Средней Азии предшествовала борьба местных полунезависимых правителей отдельных областей против гурхана киданей и найманского хана Кучлука. Владетель Уйгурского княжества с центром в Бешбалыке идикут Барчук, отказавшись от выплаты дани киданям, направил в 1209 году посольство к Чингиз-хану с выражением покорности и признал себя вассалом монголов. (Джувейни/Изд. Казвини, с. с. 32-33) Его княжество в дальнейшем имело статус своего рода пятого улуса Монгольской империи в дополнение к четырем уделам-улусам сыновей Чингиз-хана.
В 1210-1211г. г. под власть Чингиз-хана перешел владетель карлукской области Каялык Арслан-хан. (Рашид ад-дин, ИВ АН. т. 1, кн. 2, с. 163.) Пройдя с огнем и мечом по всему миру, монгольские полчища грабили и разрушали мирные поселения, истребляя жителей. Тысячи из них были угнаны в рабство.
Монгольское нашествие губительно сказывалось и в последующие десятилетия вследствие массового переселения сюда монгольских кочевых племен и длительных междоусобных войн Чингизидов за перераспределение владений.
Оставив «коренной юрт» - Монголию - младшему сыну, завоеванные территории Чингиз-хан распределил в качестве наследственных улусов между тремя сыновьями, выделив каждому по четыре «тысячи» своей личной гвардии. Территория Кыргызстана входила в состав улуса второго сына - Чагатая, включавшего земли от р. Или до Аму-Дарьи, а также часть Восточного Туркестана.
Вскоре четыре улуса чингизидов вступили в единоборство друг с другом в борьбе за единоличную власть. Междоусобия монгольских владетелей в 60-х годах XIII в. совершенно разорили населения завоеванных народов.
«В южном Прибалхашье и Притяньшанье в 40-х годах XIII в. находилась также ставка Еджена (Орды-Ичена), наследовавшего четыре личные «тысячи» своего отца Джучи - старшего сына Чингиз-хана, и отдельно орда вдовы Джучи». (Плано Карпини, с. 73.) «По-видимому, на Восточный Тянь-Шань и в Притяньшанье в первой половине XIII в. переселилось до 200 тыс. монголов». (История Киргизской ССР. «Кыргызстан», Ф., 1984, с. с. 382-383.)
Отмечая последствия вселения кочевых монгольских племен на восточный Тянь-Шань, В. Рубрук, проезжавший по Илийской долине в 1253 г., писал, что здесь «прежде находилось много городов, но по большей части они были разрушены монголо-татарами, чтобы иметь возможность пасти там свои стада, так как там были наилучшие пастбища». (Рубрук, с. 126.) Монголы действовали, писал в связи с этим К. Маркс, «сообразно с их способом производства, пастбищным скотоводством, для которого большие необитаемые пространства являются главным условием». (Маркс К., Энгельс Ф. Соч., т. 12, с. 724.)
В погоне за лучшими пастбищами монголы все больше вытесняли оседло-земледельческое население, разрушая города и селения, встречавшиеся им на пути. «Разоренное оседло-земледельческое население уходило с территории Киргизии в Восточный Туркестан, к Сыр-Дарье и в Мавераннахр, где монголов было сравнительно меньше. Нашествие монголов при Чингиз-хане и его преемниках на Среднюю Азию сопровождалось гибелью многочисленного населения и разрушением производительных сил». (История Киргизской ССР. «Кыргызстан», Ф., 1984, с. 384.)
Вот почему, приняв первый удар от монголов, города и селения на территории Кыргызстана оказались наиболее разрушенными или почти уничтоженными. Кочевникам нужны были пастбища, им не нужны были города, поэтому они уничтожали их, сравнивали их с землёй и шли дальше, полагая, что на обратном пути, когда они будут возвращаться через несколько десяток лет, здесь уже будут пастбища с обильными травами. И ещё вот почему остались в сохранности некоторые города нынешней территории Узбекистана и Туркмении. Это потому, что они находились в пустынях Кызыл-Кума и Кара-Кума, а кочевникам не нужны были пески, там негде было пасти стада. Например, будь Самарканд с Бухарой в горах и долинах Кыргызстана, их тоже постигла бы та же участь. И даже будь египетские пирамиды в наших благодатных землях, то монголы с ними расправились бы в два счета. Только этим объясняется тот факт, что на территории Кыргызстана менее сохранились города и селения, а не тем, что у нас культура была на низком уровне. Я бы посмотрел, что сталось бы, скажем, с древним Римом или Вавилоном, окажись они на пути монголов в то время: они бы стерли их в порошок.
Во второй половине XIII - в первой половине XIV вв. в восточной части Средней Азии образовалось самостоятельное государство Хайду, что было исторически закономерным, как и распад самой Монгольской империи. Монгольский народ понес в ходе завоевательных войн огромные, невосполнимые людские потери. Закрепление власти в завоеванных странах сопровождалось массовыми выселениями самих монголов. Монголия в середине XIII в. обезлюдела.
Ослабление власти монгольских ханов имело следствием некоторое возрождение хозяйственно-экономической жизни покоренных стран. Возросла роль местной феодальной верхушки.
Хайду проводил политику стабилизации хозяйственной жизни в Средней Азии, что обеспечивало ему широкую поддержку со стороны различных группировок и слоев местного населения, без помощи которых он не смог бы вести длительные войны с коалицией трех соседних государств.
На курултае в 1269 г. было регламентировано налогообложение и постановлено не брать с жителей ничего, кроме законных податей. Регламентировалось также землепользование. Оно обязывало кочевых феодалов содержать скот в определенных им зимних и летних кочевьях, не допуская выпаса его на засеянных полях, что было, видимо, нередким явлением. Претворение в жизнь хозяйственно-налогового регулирования в течение длительного ханствования Хайду способствовало общему возрождению восточной части Средней Азии.
Если вторая половина XIII в. являлась периодом дробления Монгольской империи на независимые уделы Чингизидов, то в первой половине - середине XIV в. наметился распад этих улусов. Одновременный процесс их распада в Средней Азии и Иране, проявляясь в форме династийной борьбы, обусловливался формированием новых политических связей, которые определили во второй половине XIV в. образование таких государственных объединений, как империя Тимура, Золотая Орда, Белая Орда и Моголистан.
