После разорительных, но безрезультатных походов в Среднюю Азию Галдан-Бошокту-хан, изменив свою внешнюю политику, вторгся в пределы Восточной Монголии с целью объединения всех монголо-ойратских ханств, где его интересы столкнулись с интересами цинского Китая. Вследствие этого он так и не смог выбраться из Монголии до конца своей жизни (1697 г.). Тем временем, пользуясь отсутствием Галдана, верховную власть в Джунгарии захватил его соперник Цеван-Рабтан, который вынашивал планы захвата новых земель на западе, чтобы восполнить те крупные потери, которые понесла Джунгария во время неудачных походов Галдана в Восточную Монголию.
Несмотря на вынужденный исход в Ферганскую долину некоторых северокыргызских объединений, большая часть кыргызов в первой половине XVIII в. оставалась на Южном и Центральном Тянь-Шане. Такие крупные объединения, как кыпчак, чонбагыш, найман, толос, кесек и кушчу, прочно закрепившись на южных склонах Терскей Ала-Тоо, постоянно соперничали с калмаками за господство в Восточном Туркестане.
Новая волна нападений калмакских феодалов на Кыргызстан и соседние области началась после вступления на престол Джунгарского ханства сына Цеван-Рабтана Галдан-Церена в 1727 г. Около 1732 года войска калмакских феодалов совершили нападение на кыргызов в Кетмень-Тюбинской долине. (Тарих-и Бадахшан/Изд. А. Н. Болдырева, с. 29, 37, 39.) Затем в течение 1736 и 1738 годов отряды Галдан-Церена трижды проникали в Бадахшан. По возвращении из последнего похода калмакское войско было полностью истреблено кыргызами в районе Каратегина.
Воспользовавшись усилением междоусобной войны за власть в Джунгарии, около 1747 г. кыргызы совершили удачный поход в Кашгар. Десятитысячное войско, возглавляемое Акмат-бием, с победой возвратились в свои края. С целью мести калмакские феодалы направили против кыргызов десятитысячное войско под главенством зайсана Доржи. Оно было полностью разбито кыргызами, в Джунгарию вернулось только 3 тыс. человек.
К этому времени кыргызы вновь рассматривались как опасные враги калмаков, поэтому правители Джунгарии вынуждены были постоянно держать наготове крупное войско. Очередной поход калмакских феодалов в Кыргызстан начался выступлением 27000 всадников в мае 1749 г. и продолжался около трех месяцев. Но и этот поход калмаков закончился неудачно, они возвратились, потеряв убитыми 7 тыс. воинов. (История Киргизской ССР. «Кыргызстан», Ф., 1984, с. 460.)
В конце первой половины XVIII в. начался процесс ослабления Джунгарского ханства – некогда могущественной кочевой державы.
Усиление междоусобной войны в Джунгарии дало толчок к возникновению освободительного движения в Восточном Туркестане и Кыргызстане. С начала XVIII в. глава черногорцев Даниял-ходжа в качестве вассала Джунгарии формально управлял страной до самой смерти. После его кончины Галдан-Церен назначил правителями Кашгара его же сыновей: Джахан-ходжу, Юсуф-Ходжу, Низам ад-дин-ходжу и Абдаллах-ходжу. Однако их власть над городами Кашгара была номинальной.
Один из главных организаторов восстания против калмаков Юсуф-ходжа тайно отправил письмо кыргызам в долине р.Или с просьбой оказать помощь в борьбе «за веру против неверных калмаков». (Салахетдинова М. А. Сочинение Мухаммед-Садыка Кашгари «Тазкира-и ходжаган», с. 103) Кыргызы спешно отправились в Восточный Туркестан и прибыли в город Хотан.
Юсуф-ходжа также обратился к главе андижанских кыргызов Кубат-мирзе из племени кушчу с призывом принять участие в газавате «против неверных». Но в это время началось внезапное наступление со стороны Джунгарии. Учитывая политическую обстановку в Восточном Туркестане, цинские власти решили использовать белогорских ходжей для захвата Восточного Туркестана.
В конце 1759 г. Восточный Туркестан полностью оказался под властью Цинской империи. (История Киргизской ССР. «Кыргызстан», Ф., 1984, с. 462.)
В конце 50-годов XVIII в. Джунгарское ханство тоже становится объектом агрессии цинского Китая. В результате разгрома ойратское население было почти полностью истреблено. От ойратского населения уцелела лишь незначительная часть – около 20%. Несколько тысяч ойратов осело в Фергане и Тянь-Шане. Они ассимилировались местными жителями, сохранив лишь родоплеменное название «калмак». Так в Кыргызстане появилось новое племя «сарт-калмак» (в отличие от кара-калмаков, пришедших на землю Кыргызстана вместе с войсками Эсен-хана в XV в.).
